未だにいい感じの対処法が見つかってないのですが、何かの役に立てばユーザ・開発者ともに有益かなと思いエントリ上げます。
会社でMacを使ってると、文化的に結構な割合でHTMLメールが送られてきまして、Mail.appだと5割くらいの確率で化けてしまうのです。そこでThunderbirdに乗り換えたところ、文字化けが皆無になってよかったのですが、逆に困ることが出てしまいました。
フォルダ名に濁点・半濁点が使えない
いわゆる、Mac-utfの問題で、「イベント」「プロモ」など濁点、半濁点が含まれるフォルダを使うとレンタリングがおかしくなります。気にしなければ動作的には困らないのですが気持ち悪いです。対処法としては英語使いましょう。
フォルダを追加するとフィルタルールが壊れる
再現性はけっこう高いのですが、どうもフォルダを追加するとフィルタが壊れるようです。フィルタというのは「件名:ほげほげ」だったら「既読にしてゴミ箱」みたいなルールなんですが、20個くらいルールを作ってると、フォルダを追加した段階で11個くらいのルールが一斉に特定のフォルダに振り分け先を変更されてしまいます。
対処法としては
/Users/(名前)/Library/Thunderbird/Profiles/(xxxxx).default/Mail/(アカウント)/msgFilterRules.dat
のファイルをバックアップすると大丈夫な気がしますがまだ試していません。
それぞれのバグトラッカーを見ましたが、まだ解決されたものが世に出るまで半年以上掛かりそうなので、辛抱するしか無いですね〜Outlookとかも試してみようかな。